يمكن تحضير الكفير من أي نوع من أنواع الحليب, حليب البقر , الماعز , الغنم , جوز الهند , الأرز أو الصويا. تضاف حبيبات (خميرة الكفير) إلى الحليب المتوفر وبعد فترة من الزمن تتراوح بين 16 ساعة إلى 36 ساعة حسب حرارة جو المكان , نتيجة التخمير تتكون مادة لزجة جلاتينية بيضاء أو صفراء تشبه الكريمة وهي عبارة عن مادة مكونة من مجموعة مواد عالية الجودة مهمتها أيجاد الظروف المثالية في الجهاز الهضمي للإستفادة من البكتيريا الصديقة إلى أقصى حد ممكن.
بعد فصل (تصفية) الناتج هذا يتم فصل الحبيبات (الخميرة) عن الكفير ويوضع الكفير في الثلاجة ليصبح جاهزا للشرب بينما يتم إعادة استعمال الحبيبات الأم وما تولد منها في تحضيره جديدة. والكفير مشروب فريد من نوعه يتميز بطعمه اللاذع ولا يوجد طريقة لاستحضار الكفير يدون الحليب وحبيبات الكفير. هذه الحبيبات تحتوي على خليط البكتيريا الصديقة والخميرة التي تتفاعل مع بروتين الحليب والسكريات ذات التركيب المعقد منتجة الكفير. تبدو حبيبات الكفير مثل قطعة من المرجان أو مثل كتل صغيرة من نبات القرنبيط وتتراوح بين حجم حبة القمح إلى حبة البندق . من المعروف أن بعض الحبيبات تنمو على شكل قطع مسطحة والتي يمكن أن تكون كبيرة بحجم راحة اليد.
